Maristuen har en lang historie og er sannsynligvis det eldste overnattingssted i Norge som har vært i kontinuerlig drift helt siden 1300 tallet.
I en kirkelig jordebok fra første halvdel av 1300 tallet, kalt Bergens Kalvskinn, er det skrevet om Maristuen som en selestove/sjelestove oppe i Borgund. Kirken som var svært rik og mektig på den tiden, betalte 30 mark brent sølv for byggningen og 8 kuer. Den fikk senere navnet Margretestuen. Trolig ble den av kirken viet til den hellige Margrete. Senere ble navnet forenklet til Maristuen. 
Kongen synes også det var viktig å ha et sted de reisende kunne overnatte på sin vei over fjellet. I 500 år ble selestuen støttet av en særskatt som almuen i de nærliggende kommuner måtte betale, bestemt av kongen.

Til å begynne med var det kirken som sto for driften av stova. Selestovene var på den tiden ubetjente enkle koier som i følge en beretning sto åpne for alle og enhver og som kunne romme opp til 12 mennesker.

Etter reformasjonen (ca 1550) var det staten/kongen som overtok driften av selestovene og ansatte bestyrere.

I 1792 ble det bygget en ny fornem fjellstue på Maristuen. I reglene for stuen het det at den skulle være til nytte for reisende utenfor bondestanden og ingenlunde til bruk for bønder i nogenslags måte. Fra før var det enklere byggninger på Maristuen som bøndene kunni bo i. Det var stor klasseforskjell den gang.
Stuen fra 1792 står i dag som museum på Maristuen.

I 1839 ble Anders Jonsen Nystuen ansatt som bestyrer. I 1847 fikk han kjøpt stedet av staten med plikt til å kjøre posten og å holde veistakene ved like over fjellet om vinteren så folk fant frem. Han var forpliktet til å holde gjestgiveri samt yte de reisende forsvarlig forpleining.
Anders kjøpte en flokk reinsdyr for å drive tamreindrift. Det var viktig å kunne servere ferskt kjøtt til de reisende. Dessuten ble det fisket ørret fra egne fjellvann og gården skaffet melk, fløte, hjemmelaget smør og ost. Slik ble det drevet i flere generasjoner. Gårdens drift var viktig for hotellet. Siden det var skysstasjon, var det også en god del hester til de reisendes disposisjon. Tamrein er fremdeles i familiens eie. Disse kan
man støte på når man går tur i fjellet om sommeren.

På gunn av den økende turisttrafikken, ble det av neste generasjon bygget et hotell i 1888. Det gikk så bra at i 1893 ble hotellet utvidet og fikk en ny stor og staselig spisesal og et tårn på toppen av bygget. Hotellet var i sveitserstil med plass til 90 gjester. For å møte de reisendes økende krav til komfort og sanitære bekvemmeligheter ble Maristuen det første landshotell som fikk vannklosett, 6 stk. og det hadde selvfølgelig badeværelse. I 1896 fikk hotellet også rikstelefon.

På slutten av 1800 tallet var det ikke bare rike engelskmenn som had tid og råd til å reise. En bredere middelklasse utgjorde nå majoriteten av de reisende som kom for å se vårt vakre land med fosser, fjell, fjorder og breer. 
Mesteparten av de utenlandske reisende på 1800 tallet var engelske med tyskerne på en god annen plass. Det var også en del franske og nederlendere og andre nasjonaliteter.


Det var gode tider på Maristuen. Både kongelige og kunstnere kom på besøk. Edvard Grieg bodde på Maristuen flere ganger. Kongefamilien, Håkon, Maud og Olav bodde her i 1913, 1916 og 1921. Gerhard Munthe både tegnet og malte en akvarell av stedet.

I en årrekke var hotellet bare åpent sommerstid. Men da 4. generasjon overtok (Kari og Knut Maristuen) ble det vinterturisme i 30 årene. Hotellet ble modernisert og fikk elektrisk strøm fra eget elektrisitetsverk i 1939.

Under krigen ble hotellet okkupert av tyskerne en kort stund.

I 1949 og 1966 ble det foretatt større moderniseringer. Hotellet fikk flere rom med bad og wc for å tilfredsstille de mange gruppereisende som etter hvert kom i busser hver dag hele sommeren.

I 1976 brant dessverre hotellet ned til grunnen. 

I dag er det utleiehytter av høy standard og et motell med leiligheter, kafeteria og svømmebasseng på stedet.
Utleiehyttene blir drevet av 5. og 6. generasjon Maristuen.